SMK Muhammadiyah 1 Sukoharjo memiliki program unggulan antaralain Sekolah sehat, sekolah berbasis industri, sekolah berkarakter, teaching factory, technopark dan smart school. Sekolah sehat memiliki kondisi lingkungan belajar yang normal (tidak sakit) baik secara jasmani maupun rohani. Hal ini ditandai dengan situasi sekolah yang bersih, indah, tertib, dan menjunjung tinggi nilai-nilai kekeluargaan dalam kerangka mencapai kesejahteraan lahir dan batin setiap warga sekolah.
Sekolah berkarakter yang menjadi perhatian dan fokus adalah aspek kecerdasan (kognitif), perilaku (psikomotorik) dan perasaan (afektif) dengan seimbang sehingga sekolah mampu membangun kebiasaan atau karakter tertentu, yang akan menjadikan peserta didik menjadi sosok yang berkepribadian. Teaching factory suatu konsep pembelajaran di SMK berbasis produksi atau jasa yang mengacu kepada standar dan prosedur yang berlaku di industri diimplementasikan disemua jurusan.
Sebagai tindaklanjut untuk pengembangan teaching factory, sekolah mengimplementasikan technopark sebagai wadah untuk menghubungkan antara SMK-SMK yang telah melaksanakan program Teaching Factory dengan dunia industri. Technopark bertujuan untuk merangsang dan mengelola arus pengetahuan dan teknologi sesama SMK pelaksana program Teaching Factory; memfasilitasi penciptaan dan pertumbuhan pendukung industri berbasis inovasi melalui inkubasi bisnis dan proses spin-off, dan menyediakan layanan peningkatan nilai tambah lainnya, melalui penyediaan ruang dan fasilitas berkualitas tinggi pendukung. Aplikasi smart school memberikan manfaat untuk mengefektifkan dan mengefisiensikan memberikan dampak signifikan dalam pelayanan di sekolah.